L'idée d'un musée dans Charlevoix remonte aux années 1930, époque où foisonne une riche communauté d'artistes en Charlevoix. Elle est d'abord lancée par un couple de villégiateurs et peintres américains installés à Cap-à-l'aigle, Patrick Morgan et Maud Cabot, lesquels se passionnent pour l'art populaire et les métiers d'art de Charlevoix. Elle est reprise en 1946 par Roland Gagné, citoyen de Pointe-au-Pic et collectionneur invétéré, grandement impliqué dans la sauvegarde du patrimoine régional.

Dès la fin des années 1940, Gagné crée un musée privé situé derrière chez lui, le musée Laure Conan. Le projet d'un musée d'envergure se concrétise enfin en 1975. Grâce aux généreux donateurs que sont Morgan et Gagné, de solides collections représentatives de l'ethnohistoire et des arts populaires sont amassées et le Musée régional Laure Conan s'installe dans l'ancien bureau de poste de La Malbaie.

Ses installations s'avèrent rapidement insuffisantes et, en 1990, il déménage dans un édifice à l'architecture remarquable situé au site du Havre de Pointe-au-Pic. Depuis 1992, il est connu sous le nom de Musée de Charlevoix.